A equipa encontra três mulheres, todas com as mesmas marcas de violência. Com um possível assassino em série à solta, a única testemunha é uma das três vítimas que sobreviveu, mas que só consegue comunicar através de piscadelas de olhos. Umas fotografias encontradas no local do crime levam a equipa até um casal que tinha ajudado uma das vítimas, o namorado que garantia não falar com ela há várias semanas e o proprietário de um edifício onde tinha sido tirada uma das fotografias.

Jordy Thompkins, um toxicodependente, foi alvejado num beco, mas a bala que lhe causou a morte está desaparecida. Depois de Robin Prescott ser encontrada com sinais de violação e agressão no Central Park com apenas uma folha de peónia na roupa e sem se lembrar de nada do que tinha acontecido, Stella e Flack têm a difícil tarefa de encontrar o responsável pelo crime.

Quando um esqueleto, já com mais de 10 anos, é encontrado num autocarro, Mac e a sua equipa recorrem à mochila que encontraram algumas pistas. Através dos objectos que estavam na mochila, chegam até um jovem chamado Aaron Moreland, no entanto, revelou-se impossível o corpo ser o dele.

Na mesma noite em que ganhou um concurso de DJs, o DJ Banner é encontrado morto num beco perto do local onde se tinha realizado o concurso. Mac e Flack investigam não só o clube, como também a primeira actuação da vítima. Entretanto, Stella e Danny investigam a morte de uma estilista, Deborah Gayle, que tinha sido encontrada morta na piscina do seu apartamento pela sua assistente. Surpreendentemente, Deborah tinha morrido afogada por não conseguir nadar devido a uma intoxicação provocada pelo veneno de um peixe-balão.

Stella e Aiden investigam depois de o corpo de uma adolescente ter sido encontrado num vale. Os investigadores depressa se apercebem que a rapariga, de classe média, frequentava um colégio caro, aparentava ter mais do que realmente tinha e ficam a saber que a vítima tinha estado numa discoteca. Mac e Danny investigam quando um corpo é encontrado num subterrâneo e deparam-se com várias dificuldades quando ninguém parece querer colaborar.

Terrell Davenport e Octavia Figueroa foram os únicos sobreviventes de um assalto violento a um restaurante de fast food. Danny e Aiden procuram desesperadamente pistas que os levem até aos culpados até que encontram algo relevante ao investigarem de perto a vida de um dos sobreviventes. Mac e Stella investigam a morte de um homem a quem tinha sido amputada uma perna recentemente e ficam a saber que não havia qualquer motivo médico para tal procedimento.

Quando os corpos de dois homens que tinham assaltado um banco em Chinatown são encontrados, toda a equipa investiga o crime, o que os leva até Doris, a filha do gerente do banco que estava desaparecida. A equipa descobre que Joanna Cho tinha ajudado no assalto para salvar a vida da sua filha. Mac e Stella conseguem localizar um terceiro assaltante, no meio de um lago de sangue com o rasto das mãos de uma criança ao pé.

Danny e Mac investigam quando uma mala de Luke Sutton é encontrada com uma nota ensanguentada no seu interior. As investigações às actividades de Sutton levam-nos até Nick Lawson. Sutton estava a investigar as actividades de Lawson, mas este garante que não tem nada a ver com o seu desaparecimento. Stella e Flack investigam a morte de Trina Rolston, uma jovem grávida que tinha caído do telhado de uma igreja. Com a ajuda de Hawk, Stella descobre que o corpo tinha sido empurrado do telhado para ocultar as verdadeiras causas da morte. Os detectives depressa descobrem que os dois casos estavam relacionados.

Depois do agente de cavalaria Valasquez ter sido alvejado a tiro no parquet, Mac procura a bala que lhe causou a morte e descobre que está alojada na coluna do cavalo e que não pode ser removida sem comprometer a vida do animal. As investigações levam-no até um vendedor ambulante local, mas o caso fica parado quando a pessoa que tinha doado o cavalo se quer despedir dele. Aiden investiga o corpo de um jovem, Lenny Starks, que tinha sido encontrado morto na rua.

Uma mulher é encontrada coberta de sangue em cima do corpo de outra mulher com tinha uma estaca no coração. Mac descobre que a mulher era sonâmbula e que tinha tentado ajudar a vítima. No entanto, o caso complica-se uma vez que a única testemunha não se lembrava de nada do que tinha acontecido. Danny e Aiden investigam a morte brutal de um carteirista. O dinheiro encontrado na roupa interior da vítima leva a equipa até outro carteirista. Mesmo assim, continua a não haver um motivo óbvio para a morte de Lenny Cook.

Mac e Stella investigam a morte de um homem que tinha morrido electrocutado num túnel subterrâneo. Danny investiga o homicídio do proprietário de uma galeria cuja morte está relacionada com a máfia. Aiden e Flack investigam a morte de um operário da construção civil.

Mac, Aiden e Flack investigam quando Elaine Curtis é encontrada morta num concurso de cães com uma agulha de tricot no peito e sem qualquer suspeito lógico entre júris, treinadores e participantes. Stella e Danny investigam a morte do estafeta ciclista Michael Starling sabendo que o local do crime podia ter sido algures na sua rota.

Mac e Stella investigam a morte de Paul Montenassi, um jovem que se esvaiu em sangue no meio da neve. A investigação aponta para outra vítima, Mihok Lev, que tinha sido assassinado por Montenassi nessa mesma tarde. Quando Hawkes termina a autópsia de Montenassi revela que o jovem tinha uma tatuagem que leva os detectives até aos Tanglewood Boys. Danny e Aiden investigam um atropelamento com fuga que tinha causado a morte a Marta Santo. Depois de descobrirem sémen na roupa da vítima, Danny e Aiden acabam por ir até uma casa de massagens erótica.

O corpo de um jovem contorcionista é encontrado numa caixa em Coney Island. Mac e Stella vão até ao circo onde ficam a conhecer a história de amor impossível entre o contorcionista Lukas e a trapezista Anasuya. Danny e Flack encontram o corpo de uma mulher no cano de uma lavandaria e as suspeitas depressa se viram para o marido abusivo de quem a vítima se estava a esconder.

Hannah Bloom morre no seu próprio casamento e as investigações da equipa ficam para segundo plano quando o pai da vítima se recusa a libertar o corpo para autópsia antes de ser abençoado por um rabi. Danny e Mac suspeitam da mulher que tinha treinado as pombas para serem libertados no fim da cerimónia mas não a conseguem relacionar a Hannah, que tinha morrido envenenada com formaldeído. Stella, Flack e Aiden investigam quando uma mão é encontrada enterrada e apercebem-se que o homem morto, Rick Amadori, tinha tirado a sua própria mão. O filho do homem que Amadori tinha matado há três anos confessa o crime, mas a situação não é tão simples como parece.

Mac e Stella investigam quando encontram o corpo de Paddy Dolan, um estivador. Uma parte do corpo estava numa carrinha de transporte e a outra parte nos armazéns, mas Mac atravessa algumas dificuldades na investigação quando os trabalhadores se recusam a colaborar. Aiden e Danny investigam a morte de Debbie Bogda, encontrada despida na auto-estrada. As investigações apontam para um mundo de jogos sexuais e escravidão quando se apercebem que ela tinha sido atirada para a frente de uma carrinha.

Quando jovens elementos de um gang matam o dono de uma loja de vinhos, a equipa tem que descobrir provas que incriminem alguém. Antes de morrer, o homem fala com a polícia e descreve os seus atacantes como jovens membros de gang. O Detective Flack volta a reunir-se com o seu antigo mentor e amigo, o Sargento Gavin Moran, o primeiro a chegar ao local do crime. Entretanto, Danny e Aiden investigam a morte de um influente produtor de cinema.

O chefe das investigações de um controverso relatório que dava conta de actividades corruptas no seio da Polícia de Nova Iorque é abatido a tiro no dia antes da publicação dos resultados. Mac e Stella têm que encontrar o assassino e para tal ouvem todos os oficias para chegarem a um suspeito. Entretanto, Danny e Aiden investigam o homicídio de um taxista cigano.

O corpo de uma jovem é encontrado nas instalações de uma lavandaria e os lençóis que cobriam o corpo levam Mac e Stella até um hotel muito conhecido que acolhia diplomatas de todo o mundo para umas jornadas das Nações Unidas. Entretanto, Danny e Aiden investigam a morte de um sem-abrigo encontrado vestido de estátua humana. O caso é considerado como secundário mas Danny decide continuar as investigações, o que causa algumas desavenças com Mac.

Quando um jovem universitário é espancado, alvejado a tiro e o seu apartamento remexido dando ao caso contornos de crime relacionado com negócios de droga, a equipa faz de tudo para encontrar o assassino. Depois de analisadas as provas encontradas no apartamento do jovem, os investigadores descobrem vestígios de heroína num elevado grau de pureza e ficam também a saber que a vítima partilhava a casa com uma rapariga que estava desaparecida. As técnicas de interrogatório agressivas de Stella podem pôr em causa a manutenção do seu distintivo.

Ao analisar o local de um crime, Danny é atacado por um suspeito que estava escondido no armário. O suspeito, Danny e um polícia à paisana envolvem-se numa perseguição por um túnel subterrâneo de Nova Iorque e, depois de os três disparam as suas armas, o resultado foi o polícia morto, o suspeito a monte e Danny sob investigação suspeito de ter disparado contra o agente. Mac tem que descobrir quem matou o polícia para salvar o emprego a Danny. Stella investiga a morte de uma ama no Central Park.

A equipa investiga a morte de um adepto dos Boston Red Sox na sequência de uma derrota contra os New York. Danny tem que pôr à prova as suas competências no basebol para reunir as provas enquanto os seus colegas tentam descobrir o assassino e os seus motivos para o crime. Entretanto, depois de testemunhar em tribunal, Mac é confrontado pelo advogado de defesa, Quinn Sullivan, que questiona a validade das provas. Mac vê-se indeciso entre acreditar na ciência ou num homem que garante ser inocente e que pode ser condenado a prisão perpétua. Uma mulher semi-nua morre depois de ser atropelada por uma carrinha e a equipa tem que descobrir quem a estava a perseguir.

Enquanto Mac jantava num restaurante, um homem armado abre fogo deixando a empregada gravemente ferida e causando a morte a um homem e Mac tem que escolher entre perseguir o criminoso ou salvar a vida da rapariga. Depois de recuperar, e sentindo-se imensamente grata por Mac lhe ter salvado a vida, a empregada do restaurante convida-o para jantar. No entanto, Mac não sabe se está preparado para um novo relacionamento depois da morte trágica da sua mulher.